В 1153 г. «иде… архепископ Нифонт в Ладогу и заложи церковь камяну святого Климента» [НПЛ, 6661]. Церковь эта разрушилась, по-видимому, в начале XVII в. В Переписной книге 1646 г. она числится «в земляном городе», но была уже деревянной. В конце XIX в. при земляных работах обнажились фунда¬менты и нижние части стен древнего храма. Стены сохранялись в это время еще на довольно значительную высоту, а в южной части хор уцелел даже свод. В 1912—1913 гг. раскопки памятника проводил Н. И. Репников, в 1938—1939 гг. — В. И. Равдоникас, а в 1979—1980 гг. — П. А. Раппопорт и Л. Н. Большаков. Выяснилось, что памятник сильно разрушен ямами для добывания песка, а также промоинами. В более или менее непотревоженном состоянии находился лишь юго-западный угол, где стены местами достигали в высоту 1 м. Общая схема плана выявлена достаточно определенно (табл. 15). К западу от церкви в 1939 г. были найдены куски упавшей западной стены.
Церковь Климента имела 3 апсиды. Общая ее длина около 24 м, ширина около 18 м, азимут 61°. Западная часть храма — нартекс, отделенный от остального помещения стенкой с тремя проемами: широким в центральном нефе и двумя узкими — в боковых. Восточные столбы не выделены как самостоятельные опоры, а представляют собой угол стенок — продольных, разделяющих апсиды, и поперечных, идущих поперек боковых апсид. В стенках, перегораживающих боковые апсиды, так же как в стенках, разделяющих апсиды, находились проходы. Западные столбы были квадратными, отдельно стоящими. Размер подкупольного квадрата приблизительно 5.4—5.5 м. Ширина наружных стен храма около 1.05—1.1 м, западной — примерно 1.7 м, внутренних — 1 м. Западный портал церкви имел ширину около 1.5 м; наличие боковых порталов не выявлено.
Стены здания возведены из плит с прокладками кирпичей на растворе с примесью цемянки. Кое-где в нижней части наружных стен использованы также валуны. Кирпичи разного качества обжига; размер их приблизительно 4.7—5X20.5—21.5X32—33 см. В небольшом количестве найдены узкие кирпичи (шириной 12—16 см) и кирпичи с треугольным торцом. В кладку прохода в Климентовской башне Староладожской крепости вложены вторично использованные кирпичи, очевидно происходящие из церкви Климента. Фундаменты ленточные, глубиной около 1.5 м. Они врезаны в культурный слой и не доходят до материка, состоят из валунов, уложенных на растворе. В основании фундаментов имелись деревянные лежни, а над фундаментами, в основании стен, — парные деревянные связи, соединявшиеся железными костылями. Пол храма известковый. В развале, а в более ранних раскопках и на остатках стен обнаружена штукатурка с фресковой росписью.
Сабанеев Д. А. Заметка о древней Климентовской церкви близ Старой Ладоги. — ЗРАО, 1886, т. 1, с. 1—6; Старая Ладога. Л., 1948, с. 41—62; Равдоникас В. И. Археологически изеледования па Ленинградския университет в Стара Ладога. — В кн.: Славянска археология и етнография в Съветския Съюз. София, 1947, с. 72—74; Раппопорт П. А. Раскопки церквей в Новгороде и Старой Ладоге. — АО 1979 г., с. 28—29; Большаков Л. Н. Раскопки церкви Климента в Старой Ладоге. — АО 1980 г., с. 7.