Время постройки церкви не отмечено в письменных источниках. В документах XIV—XVI вв. встречаются сведения лишь о монастыре Богородицы на Перыни. Первое упоминание каменной церкви (она названа здесь Успенской) относится к 1615 г. В переписи 1628 г. числится «церковь каменная во имя Рождества пресвятой Богородицы». Церковь была значительно перестроена в XVI и XIX вв. В 1948—1961 гг. храм реставрировали: разобрали все поздние пристройки н возвратили зданию первоначальный вид (Р. Кацнельсон и Л. Е. Красноречьев). В 1948 г. в процессе реставрационных работ внутри церкви были проведены раскопки (А. В. Арциховский).
[adsense]
Церковь маленькая, почти квадратная в плане (табл. 14), с одной апсидой, равной по высоте примерно половине высоты храма. Длина церкви с апсидой 9.8 м, ширина 7.8 м, азимут 84°. Здание имеет 4 столба: западные до высоты 3 м от уровня пола восьмигранные, а выше квадратные; восточные квадратные. Лопатки есть лишь на наружных стенах, и только на углах. В храм ведут 3 портала. Своды ветвей креста цилиндрические, а угловые в сечении образуют четверть круга и обращены осями к линии 3—В. Вопрос о наличии хор остался невыясненным. Длина подкупольного пространства 2.7 м, ширина 2.4 м. Фасады имеют трехлопастное завершение, по обрамлению которого проходят 2 уступа; такое завершение на восточном и западном фасадах соответствует форме сводов, тогда как на северном и южном боковые дуги трехлопастной кривой декоративные. В средней части каждого фасада вверху расположено 1 окно, а ниже — по 2. Кроме того, в первом ярусе на каждом фасаде, кроме западного, размещено еще по 2 окна. Четырехоконный барабан слегка сужается кверху. Он венчается аркатурный пояском, который восстановлен предположительно. Купол храма сохранился древний.
Здание построено из камней (известняк) и кирпичей. В столбах, лопатках, оконных откосах ряд камней чередуется с рядом кирпичей. В стенах такое соотношение выдержано менее точно. Размер кирпичей 4—5.5X18—20X24.5—26 см, но встречаются также кирпичи шириной 13 см. Раствор с примесью цемянки. Фундамент храма сложен из валунов на растворе. Его глубина 52—60 см. Первоначальный пол — кирпичи на подготовке из нескольких слоев раствора, песка и щебня. При раскопках найдены многочисленные фрагменты штукатурки с фресковой росписью. Фрагменты фресок сохранились и на стенах храма.
На основании анализа архитектурных форм и строительной техники большинство исследователей датируют памятник первой половиной XIII в.
Кацнельсон Р. Древняя церковь в Перынском скиту близ Новгорода. — АН, 1952, № 2, с. 69—85; Макарий. Археологическое описание…, с. 423—428.